Reaktor BIRU didesain tidak hanya agar dapat menghasilkan gas maksimal tetapi ampas biogas hasil fermentasi bisa dimanfaatkan sebagai pupuk organik berkualitas tinggi. Meski saat ini ketergantungan petani akan pupuk kimia masih cukup tinggi, kebanyakan petani sudah mengetahui tentang dampak buruk pupuk kimia.
Kualitas pupuk biogas sangat baik bahkan lebih baik daripada pupuk kandang biasa. Aplikasi� pupuk biogas salah satunya bisa dilihat di daerah dampingan BIRU di Kopeng, Salatiga, Jawa Tengah sebagian besar pengguna biogas sudah mengaplikasikannya pada tanaman sayur.